电视动画《我老婆是学生会长！2》改编自日本漫画家中田由美原作的同名漫画。自由奔放、才色兼备的美少女·若菜羽衣在学生会长选举中把恋爱的自由化作为公约后，杰出当选。成为新设校的星风高等学校的最初的学生会长。在那样的一天，羽衣来到了因大差距而输了选举，成为了副学生会长的和泉隼斗的身边，并倒贴成了老婆…。
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
江浩一（沈达威 配音）是一个其貌不扬个性普通的平凡高中生，然而，这样的他却在某一天里成为了校园内诸多女生争相爱慕的对象，就连身处事件漩涡中心的江浩一都搞不懂究竟发生了什么。在校方正要对江浩一兴师问罪之际，时间停止了，爱神从天而降。爱神告诉江浩一，造成这一切混乱的原因，在于江浩一在误打误撞之中将被施了爱情魔法的巧克力分给了女生们，魔法使得女生们对江浩一产生了恋爱的错觉。要解决这个麻烦，江浩一必须一一帮助这些中了魔法的女生们实现她们心中真正的愿望，这对于性格有些内向的江浩一来说，可不是一件轻松的活计。
