东京都高度育成高等学校，以升学率和就业率100%而自豪， 每个月都有相当于10万日元的积分的梦幻般的学校。 但实际上，这是一所实力至上主义的学校，只有一部分成绩优秀的学生才能受到优厚的待遇。 绫小路等人在1年级第3学期升格到C班， 第一学年最终特别考试的结果，惜败A班，再次降级到D班。 2年级从D班重新开始。 春假过后，绫小路与轻井泽成为恋人关系。 堀北与憧憬优秀哥哥·学的自己诀别。 在人际关系逐渐变化的过程中，大家升入2年级。 绫小路等新2年级生最初的特别考试， 与新生搭档进行笔试。 但是，新生中混入了月城所安排的来自白色房间的刺客——。 跨越学年的新关系带来的是暴风雨还是风平浪静？ 第2年的学校生活现在拉开了帷幕。
故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
20世纪60年代初，从二战的沉重打击中复苏的日本，正以极快的速度在世人的注视下重新确立自己的地位。位于横滨某个海港小镇，松崎家四姐弟和住客过着平凡的生活。16岁的姐姐海（长泽雅美 配音）照顾所有人的衣食起居，清晨则例行升起祈愿平安航行的信号旗。偶然的机会，海结识了同校新闻部的男孩风间俊（冈田准一 配音），校园生活平添一道靓丽的色彩。与此同时，东京奥运会召开在即，学校内俊和一群好友所栖身的古旧建筑“拉丁区”面临拆毁的命运。为了保护心中的圣地，俊、海以及同好们联合起来。在此过程中，他们心中某种隐秘的情愫悄然滋长，但是意想不到的命运却挡在了彼此的面前…… 本片根据根据高桥千鹤、佐山哲郎1980年1~8月发表在少女杂志《好朋友（なかよし）》上的同名漫画改编。
故事将衔接TV版第三季结局紫悦(Twilight Sparkle)进化为天角兽(Alicorn)加冕成新公主之后的生活，此时水晶帝国的珍贵王冠被偷窃；为了寻回王冠，紫悦公主将接下重责大任，独自前往另一
冈山乡下出身的樱衣乃为了成为偶像而来到东京，原本憧憬大都会生活的话来到的却是也如同乡下的东小金井。在这里她同一间事务所的没人气的童星‧关野露子，没人气的音乐家‧贯井羽优以及没人气的模特儿‧前原仁菜组成了偶像团体「水果塔」，但是立刻就面临了宿舍即将拆除的危机，为了拯救宿舍她们决定挑战经纪人‧梶野穗步拿来的企划『满溢的水果塔』
