藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。 彼时，在杀人案件中死去的同班同学雏月加代（悠木碧 配音）和山田广美（鬼头明里 配音）尚未被害，悟决心利用自己的能力保护加代和广美的安全，洗清白鸟润身上的冤屈，并且找到真正的幕后黑手。在悟的努力下，个性阴沉孤僻的加代终于向他敞开了心胸，两人结下了深厚的友谊。很快，案件发生的那一天来临了，茫茫的黑夜过去，当光明来临时，悟能否再度看见加代天真的笑脸呢？
这个世界是存在异人的。 张楚岚就是一个隐藏在普通人中的异人。在生命的前19年中，他一直小心隐藏着自己和别人的不同。直到有一天，神秘少女冯宝宝找上了他。从此他被活尸追，被怪人砍，被卷入了前所未见的麻烦之中……
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
