故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
灵武大陆，一个灵力和武魂并存的世界，灵修一念动山河，武者徒手撕天地。星辰镇昔日天才辰天，十岁后武魂沉寂、灵海枯竭，自此沦为家族废物，受尽他人冷眼。在一次生死搏斗中，辰天掉下悬崖，误入上古剑帝布置的大阵，在天书力量的作用下觉醒了灵武双修体质，同时还得到一份陌生的记忆和一枚神秘的储物戒指，从此逆境崛起，破天道掌轮回，终渡帝劫桎梏，问鼎灵武大陆！
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
