本片主角伍六七原本在小鸡鸟上生活得无忧无虑,但因为失忆所以其身份成迷。随看外来者登入小岛认出了伍六七,各种阴谋也开始笼罩小鸡岛。于是伍六为了保护伙伴和他们的家园,决定回到玄武国迎接自己的宿命。
作为最底层职业【鉴定士】出生的艾因一直过着最底层的生活。 在一次冒险中，遭遇大量地狱猎犬，同伴为了活命而把艾因当做了诱饵。 本因就这么结束生命的艾因遇到了她，从此艾因的命运发生了巨大的变化。
公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。
如果登上塔，一切就都可以得到。 塔顶上有着这世界上的一切，可以得到这个世界……成为神。 为了欣赏星空而登塔的少女·蕾哈尔，以及如果有蕾哈尔这样的女朋友就什么也不需要了的少年·二十五夜，他们之间的故事开始了。
