每当黑暗污染这片大地时，一群正义勇敢的少年便会挺身而出，他们环绕在雅典娜的周围，与世间邪恶展开殊死搏斗。一代又一代，雅典娜的圣斗士们从未退却。当星矢、紫龙等圣斗士经历了无数的磨难与考验后，新一代的圣斗士也相继成长起来。他们分别是天马星座光牙（绿川光 配音）、幼狮星座苍摩（小西克幸 配音）、天鹰星座尤娜（雪野五月 配音）、天龙星座龙峰（柿原彻也 配音）、豺狼星座荣斗（柿原彻也 配音）等人。与此同时，蕴藏着黑暗小宇宙的邪恶战神玛尔斯（柴田秀胜 配音）率领斗士火星士向和平的大地逼近。圣斗士的内战再次掀起，而正义的战士们也面临着新的挑战…… 本片依据日本著名漫画家车田正美的经典原著改编。
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
