为苍生大义，白小纯不得不与通天道人展开决战。随着旧世界破碎，众人流落天外的永恒大陆。而在这里白小纯将面对更严峻的挑战，更强大的敌人……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。 关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。
住在森林深处，讨厌与人往来的魔法师──亚伦，不但被称作「魔王」，周遭的人也都对他感到多有畏惧。过着隐士生活的他，某天捡到了倒在路边的千金──夏绿蒂。她被安上莫须有的罪名，更遭到悔婚，从祖国逃到这里来。 听闻这些原委的亚伦，回想起自己曾被深信是伙伴的成员背叛的苦涩经验。听到她年仅十七岁，一直过着被人压榨的生活，亚伦下定决心—— 要让她住在自己家里……灌输她各种坏坏却幸福的事情。
在全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫队（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的袭击。 如今，人类对自然界的破坏和全球变暖现象日益严重。 一天晚上，宇宙甲壳怪物巴赞甲出现了。地球防卫队的清理行动遇到了困难，比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望的境地。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临了。 这是一个身份不明的大型外星人，代号为“奥特曼”，几十年来在宇航员中一直有着他的传言。 后来，弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽对应分遣队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特殊怪物反应分队。他指挥的这支特殊部队，以驾驶巨型怪物形状的机器人阿斯加隆为主来对抗怪物灾难。 同时，他还奉命调查在巴赞甲之战中出现的奥特曼是否为必须消灭的敌人。 “我去解决"。 现在，在布莱泽奥特曼之光的笼罩下，弦人队长将与新组织的SKaRD的特殊成员一起，投入到与怪兽的新战斗中，他的心中深藏着坚实的勇气和坚定的正义!
