故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
官方宣布动画化
她是一个救世主，却又是一个普通的战斗机器人，可是身为战斗机器人的她，觉有着一颗美妙动人纯洁的心！这颗一切美妙动人纯洁的心，给我们带来了一个美妙动人纯洁的故事，让我融入其中，成为一片看不见的影子！这一切都是围绕着一个机器人麻幌和他的朋友或是说恋人美里优展开的！对于我，只是一个过客！ 麻幌是太白星最强的战士，她是个机器人，可她拥有一颗美妙动人纯洁的心。因为一次拯救世界的事件，她迫不得已的杀死了美里友的父亲，一位唯一理解她的人，从此开始了孤独与寂寞！正因为如此，她在即将消亡的时刻选择了报恩，来到了美里友的家里，做了他家的女佣，而失去父母的美里优，对这事情的一切都一无所知，只有对父母的思念和伤痛。 “麻幌，17岁，职业是女佣！”一位可爱伶俐的姐姐出现在绣球花绽放的庭院里，为了报恩，把最后的时光奉献给了美里优，而她自己，只有短短的398天生命了！但是她依然微笑，拼命的做家务，而她的心里，是如同海底石头一样孤独寂寞...... 最后，麻幌为了保护地球，死了！又留下了美里优一个人在忍受着寂寞的苦苦的等待她的回归。他又成了一个人，那悲伤从滚滚的海浪里涌来！ 苦苦的等待了二十年后，优已经忍受尽了人间悲伤，已经对孤独反感了，内心的孤独已经转变成了对所有事物的仇恨，他仇恨所有想破坏地球的机器人，成了一名机器人杀手。成为机器人杀手的他，已经对世界无情无意了，在一次任务中，他被人给刺杀，受重伤的时候，终于碰见了女神玛修为了他而留下一段回忆重生后麻幌（麻幌此时已经不是机器人了！），他苦苦等待二十年的人。美里优见到了麻幌，起初不相信，可是听到麻幌说：“我知道优是不会变的！”他终于发现，那是真的麻幌，他们一起回到了二十年前那绣球花绽放的庭院，抱在一起！
在现实中，坂本龙太（本乡奏多 配音）是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。 金发碧眼的少女卑弥呼（三森铃子 配音），曾经的好友织田信隆（中村悠一 配音），狡猾残暴的今川义名（奈良辙 配音），有着双重人格的吉良康介（泽城美雪 配音），他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
三年前的一场交通事故令凉宫遥（栗林美奈实 配音）陷入了昏迷之中，鸣海孝之（谷山纪章 配音）一直将交通事故的责任归结在自己的身上，因此陷入了痛苦和颓废之中，在此期间，爱慕着孝之的速濑水月（高桥智秋 配音）不离不弃的照顾和鼓励着孝之，两人不知不觉之中就开始了宛如情侣一般的半同居生活。 某一日，凉宫遥突然从昏迷中苏醒了，因为脑部受伤，所以她的记忆暂时出现了混乱。孝之将此当做是赎罪的契机，于是一直守护着凉宫遥，水月将这一切都看在眼里，她直到，孝之真正喜欢的只有凉宫遥一个人，黯然之中，她选择了默默退出。
《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。 夏天结束后，新学期开始了 许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着… 池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系 还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜… 但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感 在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…
