主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
2300年前，拥有最高圣舞法结界的圣舞场，被混舞族的萨利将军偷袭成功，被占领最高舞法结界的圣舞族立刻陷入恐慌，因为只要持续365天，圣舞场就会彻底崩塌毁灭。圣女王将带回炫彩舞光和璀璨战舞的任务，交给碧巧和紫萱圣女。圣舞族希望借助天女们的舞法能量修复被毁坏的圣舞场。另一方面，受混乱将军指使，卤渣和甘草也来到现代世界阻止两圣女找寻天女们，并协同人类世界的混族狂澜释放捣蛋玩偶使城市陷入噩梦的笼罩。 三天女从开始的矛盾到互相信任，互帮互助共同解决捣蛋玩偶，不断成长。而混徒趁机释放噩梦种子，让整座城市陷入噩梦之中。面对危机，三天女能否战胜自我，合力对抗混徒的阴谋，解除噩梦危机让城市恢复到和平之中？
故事讲述在町田的住宅地附近，由于大范围的地盘下沉产生了巨大的“穴”。同时，居住在当地的185家人家无一例外地被残忍的杀害。迷一般的恐怖杀人事件一件一件发生，怎么看也不像是人类乾出来的，却一点线索也没有。这些事件似乎和一个迷之老人以及一个被称为禁忌之遗物的“ドゥルジ之箱”有着什么关联。过了5年，近未来的东京。表面上看上去是座繁荣的巨大都市，实际上却已经走向了毁灭的边缘。两极化，犯罪都市。町田惨剧中唯一一个生还者申道兰丸，为了寻找事件的真相成为了警察。然后，新的案件还是在涩谷发生了。有报道称，这是一个吸毒者的狂暴案件，但在申道等警察赶到现场时，眼前清楚的看到正在蹂躏人的妖兽。上前救人的是特殊机动搜查队2课，特殊公安部，通称“特公”的队员，六条樱她们。她们的武器既不是枪也不是警棍，而是用来斩杀妖兽的太刀。申道终于明白日本将在2年内毁灭，于是走上了和妖兽战斗的悲惨道路……
