全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
柏木空（田村睦心 配音）是一名平凡的男子高中生，因为父亲是一位冒险家，常常不在家，因此，从很小的时候起柏木空就开始独立生活，变得非常擅长料理家事。这一天，柏木空收到了父亲从埃及寄来的包裹，打开包裹后，一个小小的木乃伊出现在了柏木空的面前，看着这个瑟瑟发抖的迷之生物，柏木空哭笑不得。 就这样，柏木空开始了和木乃伊一起的生活，肩负起了照顾小木乃伊的职责。之后，更多奇形怪状的生物出现在柏木空的身边——个性暴躁贪吃又懒惰的可尼、成熟稳重智商超群的阿勇。
故事发生在和平宁静的空美町，平凡的少年樱井智树（保志总一朗 配音）过着独居的生活。每晚，智树都会梦见有天使从天而降，虽然被梦境所困扰，但智树的每一天依然能称得上是风平浪静。某一日，名叫伊卡洛斯（早见沙织 配音）的不明生物降落到了智树的身边，有着一张可爱面孔的她，后背上却长着硕大的羽翼。难道梦境中的一切变为现实了？ 善良的智树收留了伊卡洛斯，他的温柔和陈恳打动了这位本该无情的天使。之后，妮姆芙（野水伊织 配音）和阿斯特蕾亚（福原香织 配音）两位天使也被智树感化留在了他的身边。这些天使们从何而来？为何而来？在她们的背后，似乎隐藏了许多不为人知的秘密。
在人类的历史和传说中记载着许多妖魔鬼怪的故事，很少有人知道他们是真正存在的，而它们的本来面目竟然是一种植物生命体。日本传说中的荒神也是这种植物生命体。而传说中被从高天原流放的天照大神之弟须佐之男竟然是它们的首领。而传说中他从八歧大蛇口中所救的女孩奇稻田姬则是代代转生，专为封锁荒神而存在的巫女，一旦巫女不能够自然死亡，那么日本所有的荒神就都将在第一时间死亡，但巫女活着又会制约它们的力量。所以历代的奇稻田姬都会在当时政府的严密监护下生活，而荒神们几百年一成不变的矛盾就是又想杀死又不得不保护。 到了藤宫红叶这一代，问题发生了变化，继承奇稻田姬力量的是一对孪生姐妹红叶和枫，由于封印力量的减弱，荒神们又逐渐恢复了力量，而须佐之男竟然也开始慢慢复苏。荒神们制造了一个结界，准备在里面杀死红叶，以确保自身不受影响。但一个神秘的少年草雉，却打算在荒神动手之前抢先杀死红叶。原来草雉是荒神们培养的秘密武器，八歧大蛇把自己的荒神力注入人类孩子的体内，那就是草雉。他为了摆脱控制，决定抢先杀死红叶，以便令所有的荒神死亡。然而，渐渐地他却对红叶产生了另外的感情……
