在渺远神秘的银河系中，有一个由各种智慧生命体组成的最高组织，名为“宇宙联邦议会”。这个议会的中心位于银河系边缘的五行星。五行星的居民不仅在外貌上与众不同，他们的文明程度和科技能力也令其他星球的生物难以企及。五行星的居民凭借对宇宙基本法则的深刻理解，灵活运用“五行”原理，使他们在宇宙中显得极为强大，可以说是超级宇宙人。通过这种高度发达的科技与哲理，他们掌握着宇宙的许多秘密。 作为宇宙联邦议会中具有悠久历史和巨大影响力的星球，在最近的一次议会上，五行星获得了宇宙联邦议会下属的“恒星发展指导审议会”的重大批准。他们通过了一项重要的议案——《加速开发被其他生物支配的星球》。这个决定标志着五行星的居民将开始积极介入其他星球的事务，以达到他们的目的。而他们的下一个目标直指地球。五行星居民计划利用他们的先进科技和智慧，以某种方式逐渐操纵人类的思想与行为，试图引导地球向五行星的文明模式发展。这个过程充满了复杂的未知因素，也将为地球的未来带来深远的影响。人类在这一过程中将面临前所未有的挑战与机遇，整个宇宙的格局也因此可能发生巨大的转变。
机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
有着人类少女的样貌，却不同于人类的存在――精灵。 她们拥有强大的能力，从邻界现身时，因为会伴随名为『空间震』的灾难，她们甚至被称为人类的天敌。 面对精灵的威胁，人类能采取的手段，是以武力歼灭，或是―― 『与精灵约会，使其娇羞』！ 五河士道能通过让精灵娇羞并亲吻精灵来封印她们的灵力。 靠着这个特异能力持续拯救人类及精灵们的士道身边，有股巨大波涛即将袭击而来。 身为世界屈指可数的巨大企业且想获得精灵力量的DEM社，为了夺取士道的性命，将大举来袭。 于是，士道记忆深处里的神秘少女现出原形―― 各种想法错综复杂，史上最大的战争即将开始。
故事围绕少女幽鬼展开，其通过参与由神秘组织举办的死亡游戏获取赏金。游戏参与者多为美少女，生存挑战过程被全程监控并向特定观众直播，参赛者每通过一关即可获得对应奖金
