在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
一位平凡的青年，在一场可怕的交通事故中丧生，误打误撞下竟然转生来到了异世界里，并被一位自称是贤者的法师梅林（屋良有作 配音）给捡回了家，梅林给这个孤零零的孩子取名为西恩（小林裕介 配音），开始教授他使用魔法。 一晃眼15年过去了，西恩从一个嗷嗷待哺的婴儿成长为了有为青年，名师出高徒，在师父严厉的教导之下，西恩已经拥有了非常强大的力量。当西恩决定进入亚尔斯海特高等魔法学院继续深造之时，梅林才发现，这么多年来，他一直只教西恩魔法，竟然忘记了规训他的常识，这也就意味着，西恩即将在对常识一窍不通的情况下进入学校和同龄人们开始集体生活。
和泉正宗（松冈祯丞 配音）是一名专注于创作轻小说的作家，曾经获得过新人奖，并就此踏上了写作的道路。不久之前，正宗开始了和没有血缘关系的妹妹和泉纱雾（藤田茜 配音）一起的同居生活，哪知道虽然住在同一屋檐下，但正宗几乎没有在家里看到过纱雾，因为纱雾是一个只待在自己房间里绝对不会出来的超级宅女。 负责给正宗的小说画插图的是一位名叫“情色漫画老师”的插画家，其画技之精湛令正宗深深折服，然而，情色漫画老师未曾有过以其真身示人之时，对于他隐藏在网络背后的真实面目，正宗有着诸多的猜测。然而，让正宗没有想到的是，这位插画家的真身，竟然就是妹妹纱雾！
高校生の北条才人はクラスメイトと結婚した。 それも学校一苦手な、天敵のような女子・桜森朱音とである――。 「私と結婚してること、クラスのみんなに言ったら殺すから」 「俺だって結婚を知られたくはない。なんのメリットもない」 普段から嫌い合う二人の新婚生活が上手くいくはずもなく、なにかと衝突ばかり。 しかし、日々の暮らしの中で歩み寄ることで距離が縮まっていき、一緒にいて楽しい時間が増え、少しずつお互いを理解していく。 才人は今まで知らなかった朱音の可愛い素顔を知り、朱音は心の中に秘めていた想いに段々と気づき始め……。 素直になれそうでなれない二人が送る胸キュン新婚生活、ここに開幕――！
