如月雨露想要交女朋友，为此他装出迟钝且纯情的形象以求自己追寻的对象能喜欢上自己，但他的计划却宣告失败，而唯一对雨露有兴趣的反而是他最讨厌的对象三色院堇子。
住在森林深处，讨厌与人往来的魔法师──亚伦，不但被称作「魔王」，周遭的人也都对他感到多有畏惧。过着隐士生活的他，某天捡到了倒在路边的千金──夏绿蒂。她被安上莫须有的罪名，更遭到悔婚，从祖国逃到这里来。 听闻这些原委的亚伦，回想起自己曾被深信是伙伴的成员背叛的苦涩经验。听到她年仅十七岁，一直过着被人压榨的生活，亚伦下定决心—— 要让她住在自己家里……灌输她各种坏坏却幸福的事情。
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
这是一个由人们的信赖造就英雄的世界，而获得最多信赖的英雄被誉为一一 X 。在这个世界里，人们的信赖是可以被数据统计出来的，并且这些数值会反映在每个人的手腕上。只要获得足够多的信赖值，普通人也能拥有超能力，成为拯救世界的超级英雄。然而，持续变化的信赖值让英雄之路充满未知．...
