故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
在前一作里，邪恶的王后最终受到了正义的惩罚。白雪公主和王子携手步入了婚姻的殿堂，过上了幸福美满的生活。然而，这如同童话一样美好的场面却并不是故事的结局，某一天，白雪公主站在镜子前，发现自己的脸上竟然长出了青春痘，不再拥有美貌的她，还能够留住王子的心吗？ 不仅仅是白雪公主，小矮人、猎人和王子都纷纷站到了他们各自人生的十字路口，是选择利益还是选择忠诚？每个人都有他们不同的见解。接二连三出现的意外并非偶然，而是一心想要复仇的王后和魔镜联手设计的阴谋。拥有着圣剑的骑士现身，他能否成为救世主？
聪明活泼的天才少女小塔无意中走进充满神秘的答案铺，在这里遇见了充满秘密的老密和古灵精怪的粉色小龙小Q，在这里所有的问题都可以得到答案。在小Q的帮助下，小塔成功获得了忘忧光光器，并帮助母亲忘记了父亲去世的痛苦。然而小塔正高兴时却发现，母亲不仅忘记了父亲去世的痛苦，也忘记了父亲已故的事实。为了帮妈妈重新找回记忆，小塔带着忘忧光光器急忙赶回答案铺，不想，一场意外使得忘忧光光器将小塔带入忆世界，这里充满神奇异兽，惊险重重。在这里小塔遇到了和善可爱的忆狗、神奇的飞天蘑菇、充满力量的树人、渴望力量的西帝……在忆世界里小塔踏上了充满勇气与回忆的奇妙之旅。
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
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