远古巨兽，现代人类，未来科技，时空混乱的荒岛；石器时代，动力时代，电气时代，飞速发展的荒岛文明。流落无人荒岛，开局一个系统，秦天从零开始求生。遇见奇异少女；驯金雕，收狼王，退巨蟒，这座荒岛，由我做主！
故事主角松尾拓海只是教室里不起眼的一员，与他相邻的姬野萌音却早已从童年玩伴变成打扮抢眼、态度疏离的校园红人。一次电脑课上，拓海发现自己的滑鼠指针竟能穿出萤幕、触碰现实，于是先拿这份新能力试探总让他难堪的萌音。随著操作范围扩大，平时寡言的西宫薰开始主动接近，美术部中以严厉闻名的蓝田美玲也被拖进风波。奇妙规则与逐渐扩大的关系网，让每集都留下新的谜团。一个指针、三名少女、一次从显示器蔓延到日常的脱轨试验。
自称有着大众脸的高中生一条乐（内山昂辉 配音），其实是著名流氓帮派“集英组”头目的独子，他本想过上平凡人的生活，直到一个美少女转校生桐崎千棘（东山奈央 配音）的出现，他们的命运自此向不可预料的方向发展。 这位金发碧眼的混血儿转校生，原来是美国黑帮“蜂巢”老大的千金，为了双方家族能和睦相处，一条乐和千棘必须假装成一对恋人。个性不合的二人，心不甘情不愿地开始了他们的“甜蜜”生活。在打打闹闹的交往中，千棘渐渐喜欢上了一条乐，而一条乐却一直暗恋着同班女生小野寺（花泽香菜 配音），但因为各种原因无法与之心意相通。这对校园三角恋，因为黑帮和警察的介入，越发不受控制……
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
只为救回被猎人掳走的熊仔“嘻哈”，生性鲁莽的熊爸“大山”闯入了节日中热闹的人类城镇；就在大山即将被抓之际，却被神秘的特工狗“亨特”救下。此时的嘻哈已落入动物贩卖集团的魔窟，被坏人扮成了熊猫，身价飙升。为了拯救儿子，大山与亨特组成动物特工搭档，展开了潜入魔窟的秘密行动；满载动物的货车即将启程，救援刻不容缓！可神秘的亨特却将大山带去了另一个地方......特工狗亨特到底隐藏着什么秘密？鲁莽的大山能否历经磨难，救出相依为命的儿子？
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
