《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」，并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者，从此他的生活便大大改变了。在因袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉，编入了能够与NOVA对刚的战士以及其制御者的育成机关《杰尼提克斯》。在那里，和哉与被人称作《禁止接触女王》所畏惧着的少女，莎缇莱萨·艾尔·布丽姬相遇了。喜欢上了拥有姐姐背影的莎缇莱萨的和哉，在不停被拒绝的情况下仍旧与她共赴战场，慢慢的缩短了距离。在这时，由于《杰尼提克斯》的上层机关《修吧里诶》的命令，和哉被派遣到了阿拉斯加的基地。在那里，正进行着对抗NOVA的新对策，人工创造出潘多拉的《E潘多拉计划》。
玉皇大帝就把谁都不愿意干的、整理天庭档案的工作交给了他们。几位成员没想到，天宫里所记录的档案是 “体验式”的，每一个管理员可以介入该档案所记录的事件回忆中进行体验。 于是，夺宝旅行团的一行人由此开始了一场场改写档案的新奇历险。
“这怨恨，将带你落入地狱！” 在青少年中流传着这样一个传说，有一个名叫“地狱通信”的网站，它只能在凌晨零点整链接成功，如果你的心中怀有足够的恨意，就能召唤出地狱少女，她会惩罚带给你痛苦的那个人，但同时，你也将永远背负上死亡的烙印，当你的生命结束之时，你将被流放到仇人所在的地狱之中。阎魔爱（能登麻美子 配音）表面上只是一个普通的少女，但她的另一个身份，即是可怕的地狱少女。当她接到网站委托时，便会沐浴更衣，带上代表契约的稻草人和三个随从——轮入道（菅生隆之 配音）、骨女（本田贵子 配音）以及一目连（松风雅也 配音）前往人间行使她的使命。她是谁？她带来的到底是救赎还是毁灭？这个充满罪恶物欲横流的世界里所隐藏着的秘密，被阎魔爱殷红的双眸尽收眼底。
