在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
在现实中，坂本龙太（本乡奏多 配音）是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。 金发碧眼的少女卑弥呼（三森铃子 配音），曾经的好友织田信隆（中村悠一 配音），狡猾残暴的今川义名（奈良辙 配音），有着双重人格的吉良康介（泽城美雪 配音），他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
田中（小野贤章 配音）是1-F班的学生，身体孱弱的他长着一副宛如女孩子般的秀气面孔，讲起话来亦细声细语，还常常讲到一半就因为体力不支而睡着。无论何时，田中都是一副迷迷糊糊的困倦模样，生活中任何麻烦的事情都和他无缘。 长相有些凶恶的太田（细谷佳正 配音）常常被人误认为是不良少年，但实际上，他却担任着田中身边“保姆”的职责，在生活之中对他照顾有加并且乐在其中。活泼开朗的元气少女宫野（高森奈津美 配音）一直暗恋着大姐头越前（诹访彩花 配音），为了能够成为和越前相配的同伴，宫野拜了田中为师，向他学习稳重慵懒之道。充满了欢乐的日常就此展开。
高中生弘树和彼方从小形影不离,感情非常好。一日弘树遇到了车祸,而出壳的灵魂却看到自己安然无恙的又活了过来。原来是具有神秘力量的少女PHALEI一直因为被认为会毁灭祖国而被关在黑暗的地牢里,身体也一直停留在14岁状态,她找到弘树的灵魂成为她追求的光芒。于是制造了车祸想夺走弘树，弘树进入了彼方的身体,和另一个自己对面,争执中两人落入大海。PHALEI发现无法强求到爱,于是把时间拨回到弘树出车祸的时刻,借助彼方的力量,在重演的事件里弘树成功生还,灵魂也终于回到了自己的身体里。
