随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
前辈武田晴海个性粗犷，但很擅长照顾别人。在后辈五十岚双叶上班的第一天，武田误以为身材矮小的她是中学生，使得五十岚对于武田的第一印象相当差，偏偏上司又指派武田指导五十岚。本作讲述在这之后武田和五十岚之间发生的各种恋爱喜剧。
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
小卒萧陌为爱和军功奋斗三年，却被恋人柳莺儿与将军之子赵昊联手背叛，残忍杀害后抛尸乱葬岗。濒死之际，他唤醒了上古魔刀“幽冥”，获得驱使阴兵之力，化身“活阎罗”归来复仇。他利用附身控魂之能在军营制造恐慌，随后奇袭马匪山寨，建立起自己的第一块根据地——黑石堡，并收服墨家传人墨璇，打造机关。萧陌的势力迅速壮大，引得朝廷大将赵天雄（赵昊之父）率军围剿。萧陌凭借幽冥军与墨璇的机关术大败官军，并在战斗中发现自己竟是前朝大胤皇室遗脉。他以“前朝正统”之名，联合天下义军，与朝廷分庭抗礼。与此同时，他的行为也引起了正道仙门“青云宗”的注意，长老前来讨伐，反被萧陌揭露其门派藏污纳垢，最终败退。然而，这一切都落入了国师的圈套。萧陌击败皇帝，吞噬龙气后，竟无意中撕裂了上古邪神“黑厄”的降临通道。国师亮明真身，欲献祭京城百万百姓迎接邪神。为拯救苍生，萧陌放弃唾手可得的天下，在同伴的协助下，孤身持刀冲入裂隙，与邪神本源展开决战。
