本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
故事发生在云集着优雅大小姐的私立贵族学校藤崎女子中学，人称“野性的丽人”的仓桥莉子（沼仓爱美 配音）有着男孩子般狂野以及正义感十足的个性，某一天不小心撞破了学生会会长真木夏绪（赤崎千夏 配音）的秘密。这个长得漂亮、头脑聪明的会长“藤姬大人”，不仅是老师的得力助手，还是众人憧憬的对象，实际上她却在学生会室里日以继夜地进行“恋爱研究”！因为被真木拜托，莉子当上了学生会会长助理，每天和真木进行恋爱研究与实践。个性过于害羞经常躲起来、因此成为妖精般的存在的学生会书记棚桥铃音（水濑祈 配音）也加入了她们。 学生会原会长榎本结子（佐仓绫音 配音）和原会计水嶋沙依理（大地叶 配音）化解了与真木她们的矛盾后，也加入了“恋爱研究所”。五名个性迥异的少女，就此展开了恋爱研究活动！
“流星塾”出身的“园田真理”，收到了来自父亲“花形”寄来的不明物品：“Faiz Gear和其专属机车”。为了问明父亲的用意，真理前往位于东京的巨大企业“SmartBrain”拜访父亲。途中遇上到处旅行的“干巧”，因真理放Faiz Gear的旅行袋和干巧被偷走的旅行袋一样而产生误会。正在争执的时候，两人被突然出现的不明怪物袭击．．．。 “把Faiz腰带交出来！” 另一边，“木场勇治”是一位家境富裕，父母慈祥和蔼，有交往将满一年女友的幸福青年。一场车祸夺走勇治双亲的性命也令勇治陷入昏睡。两年后，在勇治心跳停止，医生宣告死亡的当晚，“木场勇治”再次醒了过来．．．。
每个人都有不可告人的一面—— 这是一个世界各国均暗地里进行激烈情报战的时代。东国（Ostania）与西国（Westalis）的冷战状态已经持续数十年。“黄昏”是西国情报局东国对策科“WISE”的一名优秀间谍。为调查威胁东西两国和平的人物——东国国家统一党总裁多诺万·德斯蒙，上级给予了他一个绝密任务。 任务名为：“枭”（Strix）行动。内容是“一周之内组建家庭，潜入德斯蒙儿子就读的名门学校的联谊会”。于是“黄昏”扮演成精神科医生劳埃德·福杰，开始组建家庭。然而，他找来的女儿阿尼亚是个能读心的超能力者，妻子约尔是个杀手。三人利害关系一致，便互相隐瞒身份，开始了共同生活。 世界的和平，就掌握在这意外不断的临时一家人手中。
宁缺穿越到一个似是而非的大唐世界，却发现此处为处处惊险的修行世界，原本以为自己可以从此吃香喝辣，一跃成为人上人时，他却发现自己既没有任何修行天赋，而且从四岁开始就家破人亡亲眼目睹灭门惨案，更被千里追杀。在逃亡路上他在尸山血海中捡到了一把黑伞，以及身为婴儿的桑桑，绝望的他找到了活下去的动力，不甘心向命运低头的他带着这把大黑伞和桑桑开始了惊心动魄的逆袭之路。
小林（田村睦心 配音）是一位非常平凡的程序员，在一次偶然之中救了一条名叫托尔（桑原由气 配音）的龙，为了报答小林的救命之恩，托尔化身成为了女仆的样子来到了小林家中，就这样，小林和龙女仆的同居生活就此拉开序幕。 古灵精怪我行我素的康娜卡姆依（长绳麻理亚 配音）、对人类有着非常深的成见，但似乎不太聪明的样子的艾露玛（高田忧希 配音）、心思细腻温柔又稳重的大姐姐露科亚（高桥未奈美 配音）、痛恨着人类，但又无法自持的被人类所发明出来的游戏所吸引的法夫纳（小野大辅 配音），自托尔之后，小林的身边接二连三的出现了这些性格迥异的龙族们。
面对生活的诸多不顺的大雄，开始抱怨起现实世界为什么没有魔法。一天，大雄（小原乃梨子 配音）发现了一个哆啦A梦（大山信代 配音）的石像，正打算找出石像的来源，但渴望拥有魔法的大雄，突发奇想到了“如果电话亭”来实现自己的梦想。现实对大雄来说总是很残酷，大雄并没因此而拥有强大的魔力，而且拥有魔毯是一件和奢侈的事情，而大雄家是支付不起的。另外，在这里，科学被视为迷信。著名的魔法研究者满月博士（中村正 配音）告知大家一个可怕的消息：魔界星不过多久便会完全接近地球。大雄想变回现实世界，但是“如果电话亭”早己被妈妈处理掉了。满月博士解读古文书后被捉走，逃亡的美夜子（小山茉美 配音）找到了大雄等人并得到他们的支持，大家一起出发至魔界星，解救博士…… 本片是哆啦A梦剧场版系类第一次用电脑图形CG绘画。
