在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
在唐朝武明空统治时期，以主管全国大案要案的大理寺为舞台，讲述大理寺众人，在白猫少卿李饼的带领下，展开各种惊心动魄的破案冒险，向命运反抗，坚守自己内心正义的故事。
明治时代后期，有着“不死之身杉元”外号的日俄战争英雄杉元佐一，因故需要筹措金钱而来到了北海道。他无意间听说阿伊努人手中的财宝被抢夺的传闻。据说宝藏秘密被刻在24名越狱犯身上的刺青，寻宝过程之中，杉元遭受到棕熊的袭击，并且被一名阿伊努人少女“阿席莉帕”所救。紧接着，有如呼应杉元的行动一般，从以前就一直以宝藏为目标在暗中行动的“第七师团”以及背负刺青的越狱犯们的行动也开始浮上台面。这场为求一夕致富的生存竞赛，究竟会如何发展……！？
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
「お前、あと一年で死ぬよ」 十七歳の誕生日を迎えた見習い魔女のメグ・ラズベリーは、魔法の師匠であり、魔法界トップの七賢人に名を連ねる『永年の魔女』・ファウストから、突如として余命一年であることを告げられる。 メグは『死の宣告』の呪いにかかっていたのだ。 呪いによる死を免れる方法はただ一つ。手にした者に不死をもたらす、『命の種』を生み出すこと。 そして、『命の種』の材料となるのは、感情の欠片――人が喜んだ時に流す、嬉し涙。 「それで、一体どれくらい涙を集めればいいんですか？」 「千人分だ」 「……はい？」 こうして、メグは嬉し涙を集めるため、様々な人たちと関わっていく。 幼馴染みで大親友のフィーネ。 ファウストと同じ七賢人の一人――『英知の魔女』・祈。 メグと同い年にして七賢人に名を連ねる天才少女、『祝福の魔女』・ソフィ。 これは、余命一年を宣告された未熟な魔女、メグ・ラズベリーが起こす、奇跡の物語。
