桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
星野宫子（上田丽奈 配音）表面看来只是一个非常平凡的女大学生，实际上却拥有社交障碍，无法和人正常的交往，因此常常宅在家中，孤独的制作着华丽的Cosplay服装。星野日向（长江里加 配音）是宫子的妹妹，和姐姐阴郁的性格不同，日向非常的开朗健谈，而且深深的爱戴着姐姐。 一天，日向将自己在学校的好朋友白咲花（指出球亚 配音）带到家中做客，宫子在见到小花的一瞬间，竟然深深的被她给迷住了。但是宫子的个性令她无法坦率的和小花交朋友，为了成为能够配得上小花的人，宫子开始了努力。随着时间的推移，宫子和小花之间的距离渐渐拉近。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
