机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
虽然贵为公主，但艾丽莎（劳拉·贝莉 Laura Bailey 配音）的个性实在是太过于活泼了，常常在宫里惹出各种各样的麻烦需要爸爸妈妈帮她善后。为了学习宫中的礼仪，艾丽莎被送到了女王处，严格又古板的女王令艾丽莎头痛不已，她一点都不想变成一个真正的翩翩优雅的公主，她真正想要当的其实是一名海盗！ 在罗杰斯勋爵的帮助下，艾丽莎拥有了属于她自己的船，一行人开始了他们在大海上的旅程，途中，众人来到了一座神秘的小岛上，在那里，艾丽莎结识了卢卡斯（尤里·洛文塔尔 Yuri Lowenthal 饰）。岛上生活着许多凶猛的野兽，艾丽莎决定帮助卢卡斯逃离这里。
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
“为什么谁都不记得真正的世界呢……！” 本是争夺地上霸权的五种族大战以英雄希德率领的人类胜利告终的时代；但是这个世界，在少年凯眼前突然被「改写」了。在被改写的世界里，凯所看到的是，由于英雄希德不存在，人类在五种族大战中败北的情景——在这里，龙和恶魔统治着地面，并且凯成为了被所有人遗忘的存在。但是凯遇到神秘的少女铃娜后，决心打破这被改写的命运。 在没有英雄的世界里，继承英雄的剑和武艺，挑战君临的强大敌种族。被世界遗忘的少年「取回真正的世界」空想超大作，开幕！
