自从赢得世界大赛之后，农用飞机“尘土”已经成为尽人皆知的草根冠军。可是有一天在练习时，他的身体发现异样。经检查后得知他的变速箱出了问题，该型号变速箱由于老旧已经停产，这也意味着尘土再也无法参加激烈的比赛。一天夜里，不甘失败的尘土继续挑战极限，结果引发弯角服务站机场加油站的大火。虽然侥幸扑灭火灾，但是由于机场安全消防措施不过关，面临着被关闭的命运。眼看就到了机场玉米节狂欢，在场的每一个人都提心吊胆。感觉负主要责任的尘土主动要求参加消防员的培训，在此之后他结识了有着丰富丛林火灾扑灭经验的刀锋、乘风者、北斗星等新伙伴。 一切从零开始，命运发生转折的尘土迎难而上……
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
