伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
如果登上塔，一切就都可以得到。 塔顶上有着这世界上的一切，可以得到这个世界……成为神。 为了欣赏星空而登塔的少女·蕾哈尔，以及如果有蕾哈尔这样的女朋友就什么也不需要了的少年·二十五夜，他们之间的故事开始了。
寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小兔老师不仅提防着春彦，还得提防着美咲的同学角，但没想到角真正中意的是他自己。 美咲和小兔的恋爱道路上挫折不断。而另外两对，上条弘树（伊藤健太郎 配音）和草间野分（神奈延年 配音）；高槻忍（岸尾大辅 配音）和宮城庸（井上和彦 配音）的感情之路也波折连连。但结局好一切都好。
『间谍过家家』第2季动画最终话结尾预告「SEE YOU NEXT MISSION」
With Caine gone and the circus dark, the cast are left with only the mistakes and traumas of their pasts to keep them company. As the prospect of eternity closes in around them, they discover the truth about the Digital Circus and its history. Will they come to terms with what they uncover, or will they make… the other choice?
