昭和20年，太平洋战争刚刚落下帷幕。经历了惨烈战火的日本山河寥落，百废待兴。生活在最低层的人们凭借一双勤劳的双手艰难求生。废墟上的东京，小商贩们渐渐云集，靠着他们物美价廉的美食为贫穷的手工业者提供果腹之餐，而立食师的神话也就此拉开序幕。月见之银二（吉祥寺怪人 配音）最早登场，长发飘飘宛如仙人的老者在霸王餐界打出名堂。在此之后，狐炸肉饼之阿银（兵藤真子 饰）、汉堡之阿哲（川井宪次 饰）、牛肉盖浇饭之牛五郎（川井宪次 饰）等传奇立食师相继登场，为二战后的日本发展史做出了异样的注脚…… 本片由动画导演押井守根据自己2004年出版的同名小说改编。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
作为最底层职业【鉴定士】出生的艾因一直过着最底层的生活。 在一次冒险中，遭遇大量地狱猎犬，同伴为了活命而把艾因当做了诱饵。 本因就这么结束生命的艾因遇到了她，从此艾因的命运发生了巨大的变化。
常夏の孤島・青藍島（せいらんとう）。 この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに 妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。 しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行された ドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが 許可・推奨されており、「性産的行為」を拒否すると 犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。 誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、 自身と愛する妹の純潔を守るべく、 反交尾勢力・NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、 ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！ 「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」
