全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年千空苏醒了。 从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！，在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界。
在校园里，兵藤一诚（尾裕贵 配音）“大色狼”的“美名”广为流传，托它的福，一诚至今任然过着没有女朋友的孤苦生活。这注定是不寻常的一日，首先，一诚居然收到了来自美少女的告白；然后，当一诚正准备开始他梦寐以求的幸福约会时，他被果断的杀死了！当一诚再次睁开眼时，面前的红发女子告诉一诚，是她复活了已经死去的他，并且从今天开始，他将成为她的奴仆。 红发女子名叫莉雅丝（日笠阳子 配音），其真实身份是一名恶魔。袭击一诚的女子隶属“堕天使”的行列，从莉雅丝口中的“战争”和“神器”等艰涩的名词，以及接连不断的，来自于堕天使们的攻击中，一诚知道，自己单纯快乐的校园生活即将画上句点。
“新晋社畜”段佳泽，继承了一家濒临倒闭的动物园，然而被迫签订的一纸合约需要让他以生命为赌注，在短时间内扩大其经营规模；还迎来了一众合约附加的派遣员工：三足金乌“陆压”；九尾狐“有苏“；蛇精“白素贞、小青”等；从此，段佳泽便开始了操碎了心，但似乎又乐在其中的创业之旅…
2015年12月30日，宇宙探索船Luxion船长，高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员，并为之奋斗。 6年后，高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴，被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校，要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选，但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员！ 伴随着兴奋与疑惑，高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活，但是令她始料未及的是，她的任务是驾驶机器人，与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任，突然降临在少女高屋法子的身上，她的未来将如何谱写？
白小纯合并下游四宗成立逆河宗后，成功挑战中游三宗立稳脚跟，被上游星空道极宗天人指名做质子，开启第三季质子篇。
羽柴纯一（浅沼晋太郎 配音）是一个从小到大连女孩子的手都没有碰过的宅男，能够摆脱处男的标签成为了他十六岁这一年唯一的目标。一次偶然中，纯一得知，那些看上去很不好接近的辣妹能够帮助他实现愿望。于是，纯一找到了名为八女由加奈（长久友纪 配音）的金发辣妹，跪着恳求她同自己交往。 虽然知道纯一的心中打着怎样的算盘，善良的由加奈还是答应了他的告白，两人开始了交往。起初，由加奈只当纯一是一个单纯的傻瓜，可随着时间的推移，纯一渐渐展露的优点开始吸引她的注意。与此同时，纯一亦发现，由加奈虽然看上去十分泼辣，但观念上却意外的保守。
