这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
某一日，对生活毫无干劲，只知道在网上购物的颓废男樱田纯（真田麻美 配音）收到了一封写着“上发条”和“不上发条”的信，好奇的他选择了前者，没想到，就因为这无意中的选择，一个充满神奇和争斗的残酷世界向他打开了大门。 名叫真红（泽城美雪 配音）的人偶出现在了纯的面前。原来，在百年之前，人偶制造的技术由于“蔷薇圣母”的发现而突飞猛进，于是，7个有自己的意识和思维的人偶诞生了。可是，制造者并不满足于此，他希望能够制作出最完美的人偶——爱丽丝，而怀着对制造者的爱，一场激烈的，夺取蔷薇圣母成为完美爱丽丝的战争在7个人偶之间展开。此时，新一轮的争夺即将开始，作为真红的新主人，纯会开始怎样惊险的冒险呢？
在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？
