主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。 拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
住在森林深处，讨厌与人往来的魔法师──亚伦，不但被称作「魔王」，周遭的人也都对他感到多有畏惧。过着隐士生活的他，某天捡到了倒在路边的千金──夏绿蒂。她被安上莫须有的罪名，更遭到悔婚，从祖国逃到这里来。 听闻这些原委的亚伦，回想起自己曾被深信是伙伴的成员背叛的苦涩经验。听到她年仅十七岁，一直过着被人压榨的生活，亚伦下定决心—— 要让她住在自己家里……灌输她各种坏坏却幸福的事情。
椎名亚树（喜多村英梨 配音）因为外表的缘故，常常被人误认为是女孩子，这让他非常的苦恼，十分希望增加一些男子气概。为了培养自己独立生活的能力，升入初中后亚树独自前往东京，住进了春原庄，开始了一个人的生活。 成熟稳重温柔贤惠的春原庄主人春原彩花（佐藤利奈 配音）、活泼开朗有时有些活泼过头的春原菜菜（佐仓绫音 配音）、拥有超高人气的学生会会长雪本柚子（高森奈津美 配音）、虽然看上去十分冷漠但实际上对可爱的东西完全没辙的月见里堇（濑户麻沙美 配音）、整天笑嘻嘻但内心里的想法无人知晓的风见百合（宫本侑芽 配音），在这些姐姐们的陪伴下，亚树真的能够成长吗？
1979年电视动画《机动战士高达》总集篇剧场版三部曲的第一部。
