在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
面对庞大的魔神大军，为了回避全灭危机，勒库对伙伴们说出「这边交给我，你们先走吧！」，一个人殿后对抗敌人大军，就在他终于消灭敌人回到城镇时，却发现时间已经过了十年！？而自己却莫名其妙成了救世英雄！？勒库的新冒险旅程又将如何发展——
故事讲述突如其来的未知生命体“Gadoll”，使人类长年陷入灭亡的危机，生存下来的人们为了保护自己，建造了高度3,000M 的巨大移动要塞“DECA-DENCE”。 DECA-DENCE的居民分为日夜与 Gadoll 战斗的战士“Gear”，以及没有战斗能力的“Tanker”。憧憬并梦想成为战士的少女・夏目，冷淡的装甲修理人・镝木，不放弃希望、努力向前的少女与舍弃梦想的现实主义男人，看似极端相反的两人，因他们的相遇而让世界的未来有了巨大改变。
霓云坊、不羡楼获得了皇上御笔赐名，一时间，沐云瑶的名声响彻金陵。同时，沐云瑶与钺王的心意也逐渐明晰，小生活过得不亦乐乎。此时，新任盐运史李牧年上任，掀起一场针对全城盐政侦查案，沐云瑶也牵涉其中，金陵城中风波再起，两人应该如何携手共渡难关。
