在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
全片以主人公伍六七寻找失去的记忆为故事主线，配合角色与角色之间的爱恨情仇组成的支线贯穿始终。通过讲述主人公在帮助别人和寻找自我的过程中，认识不同的人，与不同角色之间发生的有趣的，最终用爱化解仇恨与偏见的故事，想带给观众欢乐的同时表达对生活的热爱，爱与包容可以化解一切。
有一个外号邋遢大王的小男孩，他特别邋遢，不讲卫生，信奉“不干不净，吃了没病”。这天，鼠王想征服人类、称霸世界，于是想找个人来当他的细菌武器的试验品。鼠国密探看中了邋遢大王，因为只有他会吃不干净的东西，于是，邋遢大王喝了被老鼠下了药的橘子水后，身子变成了和老鼠一样大小，被老鼠密探骗到了老鼠王国！来到老鼠王国后，邋遢大王真正感到后悔了，想回家却又无奈被关了起来。幸好邋遢大王认识的好友小猫小狗把鼠博士准备在他身上做实验的换掉了，邋遢大王才逃过一劫。邋遢大王最终能否逃出鼠国？
药谷完治（丰崎爱生 配音）是一名现代日本药学研究者，哪知道在误打误撞之中，竟然转生来到了异世界，成为了宫廷药师名家的儿子法尔玛。这是一个无论是药学还是科技都落后于现代的世界，可是在这里，完治获得了只有这个世界才有了神奇魔力。 于是，完治决定运用自己获得的能力，以及在原本世界里所拥有的药理学知识，来纠正存在于这个世界的对于治疗方法和药物调配的错误认知。在此过程中，完治邂逅了父亲的第一大弟子艾兰诺（上田丽奈 配音）以及和母亲一起侍奉自己家族的夏洛特（本渡枫 配音）。
