令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
田中（小野贤章 配音）是1-F班的学生，身体孱弱的他长着一副宛如女孩子般的秀气面孔，讲起话来亦细声细语，还常常讲到一半就因为体力不支而睡着。无论何时，田中都是一副迷迷糊糊的困倦模样，生活中任何麻烦的事情都和他无缘。 长相有些凶恶的太田（细谷佳正 配音）常常被人误认为是不良少年，但实际上，他却担任着田中身边“保姆”的职责，在生活之中对他照顾有加并且乐在其中。活泼开朗的元气少女宫野（高森奈津美 配音）一直暗恋着大姐头越前（诹访彩花 配音），为了能够成为和越前相配的同伴，宫野拜了田中为师，向他学习稳重慵懒之道。充满了欢乐的日常就此展开。
在清华女子学校里就读的皆是出身名门的千金大小姐，为了以后能够顺利进入社会，学校需要一位“庶民”来教会这些不食人间烟火的大小姐们这个社会的生存规则。平凡的高中男生神乐坂公人（田丸笃志 配音）被选中成为庶民样本，被迫入读了清华女校，成为了校园中唯一存在的雄性生物。 个性傲娇内向却意外单纯的天空桥爱佳（芹泽优 配音）、成熟善良温柔稳重的金发美少女有栖川丽子（立花理香 配音）、超高智商和超级天然呆属性并存的汐留白亚（桑原由气 配音）、出生武术世家的神领可怜（森永千才 配音），当这些高贵的大小姐们接二连三的出现在公人的身边时，会发生怎样有趣的故事呢？
舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。
