在浩瀚的宇宙深处，驻扎在某小行星的地球联邦军队凯西堡垒遭到宿敌虫子大军的攻击。强袭舰雅丽莎号的彪勇战将奉命救援，在这个沦陷的基地内，却发生令人费解的一幕。超能力战略官员卡尔·詹金斯博士将卡门所负责的战列舰约翰·A·沃顿号的指挥权夺走，不知下落。战争的最后，雅丽莎号的战士们救出幸存者，小星星也在爆炸中灰飞烟灭。为了查清消失的战列舰的下落，强尼·瑞克命令返航途中的雅丽莎号迅速掉转船头，追赶约翰·A·沃顿号。效用彪悍的勇士们合二为一，开始了新的漫漫征途…… 本片为《星河战队》系列发表15周年纪念作品。
位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!!
