月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界走向了和平。 在战争中作为军人的薇尔莉特•伊芙加登，怀抱着对她来说无比重要之人留下的“话语”，离开军队来到了大港口城市。 踊跃的人群在排列着煤气灯的街道马路上来来往往地穿梭着。薇欧瑞特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面委托人、触碰着他们内心深处的坦率感情。与此同时，薇欧瑞特在记录书信时，渐渐明白那“话语”的含义。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
2002年日本发生多宗奇怪的人口失踪案，记者城户真司为了调查此事，便到其中一个受害者榊原耕一的家中调查，期间他发现了一个咭盒，後来真司意外地藉咭盒的力量变成为幪面超人龙骑，并认识了另一Rider秋山莲(幪面超人KNIGHT)和神崎士郎的妹妹神崎优衣。真司当Rider的目的是保护人类和阻止Rider之间的战斗，相反不喜欢战斗的莲为了救爱人，而被逼与其他Rider战斗。随著其他的出现 ，Rider的战斗渐渐变得激烈，即使真司拼命阻止，但战斗的牺牲者仍来陆续出现。 就在Rider之间的战斗发展到後期，真司赫然发现神崎士郎发起Rider之间的战斗的原因拯救优衣 。原来优衣在小时候已死去，现在优衣的生命是由镜世界的优衣给予的，而这生命在20岁便会用尽，优衣亦会消失。早就得知此事的神崎士郎希望将最後Rider的生命给予优衣，所以便发动Rider之间的战斗。真司知道唯一可以救优衣的方法便是战斗，所以他便要在阻止战斗和拯救优衣之间作出选择。另一方面知道了哥哥的目的的优衣，为了阻止战斗甘愿放弃新生命，并在神崎士郎面前消失。受到优衣的影响，真司决定继续为保护人类而战，可惜最後他为保护一个女孩而被怪物袭击伤重而死。莲则成为最後Rider，成功令爱人苏醒，而自己却伤重而死去。 战斗结束後，神崎士郎重回过去，再一次发动Rider间的战斗，但被优衣阻止。最後神崎士郎返回过去，令Rider之间的战斗不再发生，所有人都各自过著平凡的生活，而优衣亦已经在小时候就死去。
