小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物…… 为探寻谜底拯救海底世界，小潜艇带着超萌小动物们一起踏上了神奇的寻宝冒险之旅。
故事发生在妖精世界之中，精灵公主玛丽琳（埃文·蕾切尔·伍德 Evan Rachel Wood 配音）即将和她深爱的罗兰德（萨姆·帕拉迪奥 Sam Palladio 配音）步入婚姻的殿堂，可是，一次偶然之中，玛丽琳却发现罗兰德根本不爱自己，和自己结婚不过就是为了得到王位而已。心碎的玛丽琳陷入了悲伤和绝望之中。 罗兰德眼看自己的阴谋就要破灭，于是找到了单纯的小精灵阳光（伊利亚·凯利 Elijah Kelley 配音），花言巧语欺骗后者前往黑暗森林，那里住着会制作爱情药水的女巫蜜糖（克里斯汀·肯诺恩斯 Kristin Chenoweth 配音）。得到了爱情药水，阳光决心将它撒在玛丽琳的妹妹多恩（梅尔迪丝·安妮·布尔 Meredith Anne Bull 配音）身上，然而，沼泽大王（艾伦·卡明 Alan Cumming 配音）忽然出现，受到药水的影响，多恩竟然爱上了他。沼泽大王和玛丽琳不打不相识，发现彼此情投意合，与此同时，罗兰德带兵前来攻打城堡，情况十分危急。
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
