神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在乡下与祖父二人相依为命的淳朴少年小山田耕太，来到大城市的熏风高中，成为这个学校的高中一年级新生。面对新的城市、新的校舍，紧张的耕太意外的被学姐告白了。她，是学校内的第一号大美女，源千鹤。拥有大胸部的千鹤学姐用千方百计，不择手段的诱惑耕太。而她的真实身份竟然是狐妖！而千鹤的弟弟，耕太的同班同学，同为狐妖的多由良，对班长朝比奈茜也动了真心。纯洁少年耕太与狐妖学姐的爆笑校园喜剧就此拉开了序幕。
巽幸太郎（宫野真守 配音）表面看上去是一个平凡无奇的男子，实际上，他正在策划一个名为“僵尸乐园偶像”的诡异计划，他疯狂的复活了7个可爱的女孩子，让她们成为僵尸偶像，展开了一系列的活动。 有些天然呆，失去了前世记忆的源樱（本渡枫 配音）、个性火爆非常讲义气的二阶堂咲（田野麻美 配音）、性格坦率而又要强的水野爱（种田梨沙 配音）、在80年代就已经成为当红偶像的绀野纯子（河濑茉希 配音）、明治时期活跃的花魁夕雾（衣川里佳 配音）、天才童星星川莉莉（田中美海 配音）和依然没有恢复意识还处在僵尸形态的山田多惠（三石琴乃 配音），这7名曾经活跃在各自时代的明星们集结在一起，能否重新找回过去的辉煌？
连点头之交都没几个的我──前原真树交到了第一个朋友——朝凪海。男生们都说朝凪同学是「班上第二可爱」，而且很照顾天真烂漫的No.1美少女天海同学。这样的她只有在周五的放学后，会偷偷来我家玩。从平常能干的模样，实在难以想像私底下的她这么率直又爱撒娇。 这是低调男与第二女主角之间的真实「朋友」恋爱喜剧。
