一个身怀绝技的少年，没能通过遴选走上修真者之路，就在他调整好心态，接受这一事实的时候，几颗神秘的骰子突然出现，他突然拥有了神奇的能力，被赋予重建神族的使命，少年的人生由此改变。一个深藏于心的秘密，一种叫大龟甲术的游戏，九颗神秘诡异的骰子，神之血脉的继承者，重建神族的使命。
故事开端为第一季故事的七年之后。 高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。 虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。 在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。 在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。 终于，星野文奈、神木世界、高坂祐马三人组成了Team·Try·fighters，能够在高达模型对战大赛中登场，向世界大赛展开挑战。
明治时代后期，有着“不死之身杉元”外号的日俄战争英雄杉元佐一，因故需要筹措金钱而来到了北海道。他无意间听说阿伊努人手中的财宝被抢夺的传闻。据说宝藏秘密被刻在24名越狱犯身上的刺青，寻宝过程之中，杉元遭受到棕熊的袭击，并且被一名阿伊努人少女“阿席莉帕”所救。紧接着，有如呼应杉元的行动一般，从以前就一直以宝藏为目标在暗中行动的“第七师团”以及背负刺青的越狱犯们的行动也开始浮上台面。这场为求一夕致富的生存竞赛，究竟会如何发展……！？
凹凸世界的创世神是一位肆意随性的神明，他创造了充斥不平等的世界，却也赐予世人改变命运的机会——只需参加“凹凸大赛”，利用系统赋予的“特殊能力”，通过一轮又一轮的残酷考验，争取最终的胜利！如今，停办百年的大赛再度开启。我们的主角——金，为了改变登格鲁星的命运，找回姐姐，决定参赛……
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
