水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
故事发生在风景秀丽民风淳朴的流川市，宇佐美奈奈子（伊藤美来 配音）是生活在那里的一名平凡的女高中生。市里新建的游泳池即将完工开门营业，奈奈子和朋友们越好到时候一起去玩。奈奈子想要一件新的泳装，无奈价格昂贵她只能向妈妈求助，然而妈妈却拒绝了奈奈子的请求，一时之间，奈奈子感到无计可施。 就在这个节骨眼上，在市政厅工作的奈奈子的叔叔太田（室园丈裕 配音）替奈奈子找了一份工作，奈奈子可以用打工赚来的钱去买泳衣了！就这样，在误打误撞之中，奈奈子竟然成为了流川市的当地偶像，并以此身份开始了一系列的宣传表演活动。
