世界第一的暗杀者投胎成暗杀世家的长男重生了。 他在异世界接下的任务只有一项──「杀了被预言会带给人类灾厄的『勇者』」。 为完成这项 高贵任务，暗杀者带著美丽的随从们于异世界暗中活动。 在现代曾让万般暗杀方式变得可行的广泛知识及经验， 还有暗杀者家族被誉为异世界最强的秘术与魔法。 一切都相辅相成，使他逐步成为史上无人能及的暗杀者──
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
