主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量…… 三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。 为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
有着人类少女的样貌，却不同于人类的存在――精灵。她们拥有强大的能力，从邻界现身时，因为会伴随名为『空间震』的灾难，她们甚至被称为人类的天敌。面对精灵的威胁，人类能采取的手段，是以武力歼灭，或是――『与精灵约会，使其娇羞』！五河士道能通过让精灵娇羞并亲吻精灵来封印她们的灵力。靠着这个特异能力持续拯救人类及精灵们的士道身边，有股巨大波涛即将袭击而来。身为世界屈指可数的巨大企业且想获得精灵力量的DEM社，为了夺取士道的性命，将大举来袭。于是，士道记忆深处里的神秘少女现出原形――各种想法错综复杂，史上最大的战争即将开始。
为了培养下一任皇妃，从五大名门中召集了公主们聚集的宫殿——『雏宫』。 名门之一的黄家之女，美丽聪慧的玲琳，作为“殿下的蝴蝶”备受众人喜爱。 然而在乞巧节的夜晚，她与被称为恶女、遭人厌恶的朱家之女慧月，被对方互换了身体。 当她意识到时，已被宣告即将执行处刑，陷入绝境。 但自幼体弱多病、一直与死亡为邻的她，反而为获得了健康的身体而感到欣喜—— 看似悲剧的互换，拥有钢铁般意志的玲琳，即便被放逐到破屋，也尽情享受自由，对于那些企图取她性命的人，她用天生的开朗与温柔感化他们，一次次跨越逆境。 另一方面，原本嫉妒憎恨玲琳的慧月，在接触到玲琳真实的人品后，内心也开始动摇—— 在彗星闪耀的夜晚互换了身体的两人。 从那天起，她们的命运发生了巨大的转变，最终被卷入动摇后宫的阴谋之中。 性格截然相反的少女们上演的后宫“互换”逆袭剧，盛大开幕！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
