与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
一个叫Humarize的神秘团体坚信怪癖奇点末日理论，该理论认为，当怪癖与后代进一步融合时，这种力量将带来人类的终结。为了拯救每一个人，世界各地的职业英雄们要求训练中的UA学院英雄们协助他们，组成一支世界经典的英雄选拔队伍。在我的英雄学院发生的最危险的危机中，拯救世界和英雄的未来取决于英雄们。
在故乡村子过着和平生活的退休冒险者贝尔格里夫，某天在附近的森林捡到一名被遗弃的女婴，就将她当成自己的女儿取名「安洁琳」独自抚养长大。 光阴似箭——憧憬着父亲的背影出发前往都市的女儿已经成为最上级的「Ｓ级」冒险者…！？
彼得（下野紘 配音）是隶属于亚格巴契战士公会的战士，曾经在武斗祭上夺得头筹，被誉为地表最强人类。彼得的最大梦想就是能够成为世界上最强的男人，然后迎娶自己的青梅竹马露薇莉亚（二之宫唯 配音），现在，他离实现梦想仅剩最后一步了。 然而，让彼得没有想到的是，自己所拥有的强大力量和高涨的人气吸引了各族女子慕名而来，她们都想获得继承了这强大基因的孩子。古灵精怪的鬼人族姐妹莉莎（山村响 配音）和美美（竹达彩奈 配音）、性格高傲总是拿鼻孔看人的高等精灵薇绀（上原明里 配音）、个性非常内向，总是缺乏自信的兽人皮格莉特（千本木彩花 配音），这些女子们为了争夺彼得的种子开始了较量。
更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。
Freeman来到香港，却有组织内部的叛徒策划阴谋，阻止他对百八龙的继承
