清水凑（上村祐翔 配音）曾经是一名水球运动员，但由于一场意外的发生，导致他在初中三年级的时候决定放弃水球这项深爱的运动，升上高中后，凑在阴差阳错之下结识了名叫冈荣太郎（西山宏太朗 配音）的男生。荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
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商纣时代，殷德衰微。子受辛荒淫无道，残害忠良。妖魔鬼怪喷涌而出，奸佞之徒横行世间，巍巍帝国随时有崩塌的危险。在陈塘关，总兵李靖的夫人一朝分娩，从肉团中生出了本领高强的哪吒。哪吒成长的过程中经历了无数的考验，也消灭了许多的妖怪和害人精，期间和石矶娘娘的战斗最为惊心动魄。另一方面，姜子牙跟随元始天尊学艺昆仑，他满师下山，恰巧赶上西伯侯姬昌被商纣王囚禁。纣王日夜宠信狐狸精变化的妲己娘娘，令国家黑白颠倒，危在旦夕。在风雨飘摇的时节，各路豪杰术士相继出马，上演了神怪大战的千古好戏…… 本片根据许仲琳的的古文小说《封神演义》改编。
