第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
万津莫。自称是过着平淡无奇的日常生活的普通好青年， 但凭借能够自由操控梦境的清醒梦能力，每当入睡就会成为无敌的特工！ 在梦境中为拯救被囚禁的女主角·宁梦而大显身手。 然而，企图将"噩梦"变为现实的怪人·梦魇出现在了这样的梦境世界中！ 莫用梦中获得的腰带变身为假面骑士ZZZ！ Make your dream come true. Good luck！ 必须阻止企图侵略现实的梦魇的入侵！ 被托付世界命运的莫，作为假面骑士ZZZ的梦境任务正式开启！
