全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
你是外星人派还是幽灵派？又或者两个都信？原本分属两派的小桃和厄卡伦各自有了超自然奇遇，不可思议的大冒险就此展开！
互相帮助，争取成为一个彻底的小市民吧。 小鸠过去因为喜欢进行被他称之为“动脑子”的推理活动，有过一段苦涩的经历，这让他决心成为一个谨小慎微的小市民。 他和有着同样志向的同学小佐内结成了互帮互助的密切“互惠”关系，准备以小市民的身份迎接崭新的高中生活。 但不知为何，不可思议的事件和灾难接连不断地降临到他们的校园生活中。 小鸠和小佐内到底能否得到梦想的小市民安稳生活呢？
