在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
曾经，这是一个人类和魔法共存的世界，但一场意外的发生令魔法就此消身匿迹，一晃眼就是1000年过去，人类甚至连他们曾经拥有魔法这件事情都给忘记了。小日向满月（岛袋美由利 配音）是一名个性活泼开朗的女子高中生，不擅长拒绝的她无论别人拜托什么事情都会满口答应下来，因此在当地人缘非常的好。 一天，小日向满月邂逅了一位名叫新月艾尔涅丝塔深海（种崎敦美 配音）的神秘少女，看上去冷漠孤傲拒人于千里之外的少女，也被小日向满月的热情给融化了。在新月艾尔涅丝塔深海的带领之下，小日向满月第一次知道这个世界上存在着人偶阿尔玛诺克斯，同时亦得知了魔法并没有完全绝迹的真相。
现在都市犯罪日益猖蹶时，一个神秘人物崭露头角。他不是警察，也有别于一般私人侦探和保镖，而是位我行我素的侠探，他复姓冴羽，单名獠，人称"城市猎人 "。他身怀绝技，足智多谋，见义勇为而又性情诙谐，即使在难中也要开些超级玩笑：偏偏还能屡屡得到佳人相助，从而演出一幕幕情义交织的精彩活剧……
时值19世纪，名门特兰西家的家主亚洛斯，是个金发碧眼的美少年。在他刚出生没多久，便遭“精灵”掳走，直到数年前，才和“黑执事”克劳德，一起回到特兰西家。克劳德对主人绝对忠诚，总是陪伴在他身边，优雅达成各种任务。但是除了名字以外，没有人知道克劳德的过去与来历。而亚洛斯的叔叔，平时就懒得无厌、视财如命。为了自己的利益，竟开始对她们的身份起疑。
在仙魔共存之世，桃山大王小桃花因与宿敌打架不慎跌下山头化为原型一束桃枝，却被一个名为长留的俊俏僧人捡回庙中悉心照料。桃花渐渐对长留产生感情，但长留似乎对桃花有所隐瞒，还牵扯到一段不为人知的过去。
于2011年底至2012年初发售的两卷OVA，是《女皇之刃》过渡至《女皇之刃 叛乱》的故事。本卷附录于《女皇之刃Premium Visual Book》中，另一卷《圣女的烦闷～信仰之门、重开》则附录《女皇之刃 叛乱 Premium Visual Book》之中。 本卷于2011年10月发售，画册详细信息请见上文“其它相关书籍-其它画册”。本卷动画故事发生于《女皇之刃》以及新篇《女皇之刃 叛乱》之间的时间，本卷除了熟悉的角色艾琳外，第二代叛乱的主角安妮洛特也会登场，讲述她成为美斗士前的状态。
