故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
ここが、私たちの居場所だから 数千を超える学校で形成された巨大な学園都市「キヴォトス」。 ここでは銃を手にした生徒たちの諍いが、日常的な風景になっている。 その中で、砂に包まれた「アビドス高等学校」は廃校の危機に瀕していた。 状況を脱すべく奮闘する「対策委員会」の5人の生徒が、 「先生」と呼ばれる“大人”と出会い、物語は動き始める。
迷宮都市・リューイン。 モンスターはびこる迷宮があるこの町には、数多くの冒険者たちが集まっていた。 命を落とし転生した主人公は、迷宮の中で目を覚ます。 その外見は、どう見ても仔猫！？ しかし正体は――災害級のSランクモンスター《ベヒーモス》の幼体だった！ 彼が出会ったのは、駆け出しのDランク冒険者・アリア。 仔猫と勘違いしたアリアは、重傷を負っていた彼を連れ帰って手当てし、 「タマ」と名付けてペットにする。 その優しさに心を打たれたタマは、アリアを守る騎士となることを誓うのだった。 Sランクの力を活かし、アリアと共に迷宮を冒険するタマ。 個性豊かな仲間たちと出会い、時に溺愛されながら、騎士（ペット）としての日々が始まる！
