1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
在浩瀚的宇宙深处，驻扎在某小行星的地球联邦军队凯西堡垒遭到宿敌虫子大军的攻击。强袭舰雅丽莎号的彪勇战将奉命救援，在这个沦陷的基地内，却发生令人费解的一幕。超能力战略官员卡尔·詹金斯博士将卡门所负责的战列舰约翰·A·沃顿号的指挥权夺走，不知下落。战争的最后，雅丽莎号的战士们救出幸存者，小星星也在爆炸中灰飞烟灭。为了查清消失的战列舰的下落，强尼·瑞克命令返航途中的雅丽莎号迅速掉转船头，追赶约翰·A·沃顿号。效用彪悍的勇士们合二为一，开始了新的漫漫征途…… 本片为《星河战队》系列发表15周年纪念作品。
在未来世界，温室效应令全球水位上涨，很多地区被淹没在海洋里。
主人公是居住在某个海洋都市里的15岁少女水树玛依雅是一位十分优秀的海洋厅后备人才，模拟考试笔试第一，正式考试的操作也是第一，面试时也十分自信，可就是这样一位优秀的人才居然落榜了。刚刚失去唯一的亲人、相依为命的爷爷，又没顺利进入海洋厅的玛依雅，可谓是穷困潦倒，由于意外的事件就职在了环绕海洋都市展开工作的小型私人连锁企业All Round Service 也就是“什么都做的公司”的尼丽德支店，然后开始了在尼丽德公司工作、冒险生活。
