这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
在美丽的蔬果村里，各式各样的蔬菜和水果们幸福快乐地生活在那里，有柠檬太太、小柠檬、苹果老师、青蛙大夫、香蕉夫妇、胡萝卜警长、胡桃太太、南瓜先生、固执的胡桃刚克爷爷和和蔼的贝洛林村长等村民。而我们的主角就是聪明可爱的三人组，洋葱汤培、核桃柯露克和小花生佩可。 然而蔬果村的宁静却被大坏蛋黑蝙蝠、老鼠塔丘和鼹鼠毛毛一伙的到来而打破。黑蝙蝠和他的团伙们不断的盗取村子里的财物和食物，成为人人痛恨的大坏蛋。洋葱汤培、核桃柯露克和小花生佩可团结其他蔬果村的村民，勇敢地与黑蝙蝠和他的同伙们对抗。最终他们用团结、友爱和宽容，感化了黑蝙蝠一伙。蔬果村又恢复了往日的平静与祥和。
