斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
继《SSSS.古立特》之后，圆谷与“扳机社”TRIGGER再合作，将制作新动画《SSSS.DYNAZENON》，打造“古立特宇宙”新作！
天道茜（日高法子 配音）和姐姐天道美（高山南 配音）、天道霞（井上喜久子 配音）以及父亲天道早云（大林隆介 配音）一起经营着属于他们的道场，一天，早乙女乱马（山口胜平 配音）和其父玄马（绪方贤一 配音）的到来打破了道场平静的生活。原来，和父亲在中国修炼的时候，乱马掉入了溺女泉，于是拥有了一碰冷水就会变身成女人的体质。在莫名其妙中，早云居然将小茜许配给了乱马，这让个性要强的小茜不能接受。 乱马就读了当地的风林馆高中，在学校里，他遇见了诸多有趣的朋友和强大的对手，在每日打打闹闹的生活上，小茜和乱马之间的感情也产生了微妙的变化。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
