在未来的某一天，一对男女Retro（山口胜平 配音）和Pandy（本田贵子 配音）在一片荒野中醒来，却发现自己不但赤身裸体而且丧失了记忆。二人来到了东京闹市中肆意抢劫衣服和食物，经过一番大战后，两人被捕，并被投放到月球上的监狱“Dead Leaves”。 经过一段短暂的禁闭生活后，他们发现这座监狱是一所克隆工厂。两个看守员随意杀害克隆人，于是Retro和Pandy萌生了越狱的念头。Retro和Pandy轻而易举地解开了身上的锁，更不可思议的是，他们居然对这座监狱了如指掌。他们的真实身份究竟是什么？
清水凑（上村祐翔 配音）曾经是一名水球运动员，但由于一场意外的发生，导致他在初中三年级的时候决定放弃水球这项深爱的运动，升上高中后，凑在阴差阳错之下结识了名叫冈荣太郎（西山宏太朗 配音）的男生。荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
只因自小身负异能，便被视为不祥之人。从小就被亲生父亲抛弃，寄养在灵云山上。16年后又因自己同父异母的妹妹不愿嫁给性情古怪冷酷残暴王爷，父亲便狠心将自己李代桃僵的嫁入王府。然而新婚之夜竟然.....
佐藤真冬、上ノ山立夏、中山春樹、梶 秋彦のバンド「ギヴン」は、フェス出場をかけたコンテストに落ちるも、メジャーデビューへの誘いがかかる。各メンバーがデビューに前向きな姿勢を見せる中、真冬は答えを出せずにいた。 一方、メジャーデビューを決めた鹿島 柊と八木玄純のバンド「syh〈シー〉」。 一時的なサポートギターとして加入していた立夏は、柊から託されたある曲を完成させようとしていた。 そんな中、立夏のもとに真冬から「あいたい」と連絡がくる。 ただならない雰囲気を感じた立夏は真冬のもとに駆けつけるが、真冬の音楽を拒むような態度に気づいてしまう。 立夏への想い、音楽への想い。 さまざまな気持ちの前で戸惑い、立ち止まってしまう真冬。 そんな彼に声をかけたのは、世界的に活躍するヴァイオリニスト・村田雨月だった。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
