本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
在這眾人都會魔法的世界，魔力高低成為了衡量地位的標準，而不會使用魔法的人則會遭到處決。馬修天生不會使用魔法，被養父藏匿起來照顧。他為了自己跟家人能平安生活，決定用長年鍛煉出來的一身肌肉與世界抗衡。
克隆人士兵锤头发生了严重的神经紊乱，并造成了一名绝地大师的死亡。为了找出他的行事动机，安纳金护送锤头回到卡米诺星球进行检查。
市川京太郎是个沉迷于《杀人大百科》和《解剖图鉴》这类书籍、中二病病入膏肓的男生。就在市川沉浸于自己安静的世界时，班上的风云人物·山田杏奈突然闯了进来！她在图书室狼吞虎咽地吃御饭团，或是哼着小曲儿。有时又突然凑得很近……面对山田难以预测的言行，市川虽然困惑不已，却不知不觉间满脑子都是山田的身影了。另一方面，山田也在与市川交谈的过程中，逐渐对他的存在在意起来──。 第一次体会到的“喜欢”这种心情。无论是擦肩而过的误会，还是笨拙的心意，两人都一一跨越，彼此的距离虽然缓慢，却无比坚定地逐渐拉近了。
